در دو دهه اخیر، دراویش گنابادی در ایران مورد پی‌گرد نیروهای امنیتی قرار گرفته و هر از چندگاهی شماری از آن‌ها به اتهام‌های مختلف امیتی بازداشت می‌شدند. یکی از خشونت‌آمیز ترین درگیری‌ها فوریه ۲۰۰۶ در شهر قم روی داد که طی آن، حسینیه دراویش تخریب شد.